Ο Δρ. Σπύρος Κωστάκης είναι Διδάκτωρ Στατιστικής και Πληροφορικής του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών (1991), κάτοχος Πτυχίου Μάστερ στα Οικονομικά από το ίδιο Πανεπιστήμιο (1984), και Πτυχίου στα Οικονομικά από την ΑΣΟΕΕ (1982).​
Κατά τη διάρκεια των διδακτορικών του σπουδών δίδαξε Στατιστική και Οικονομετρία στα προπτυχιακά και μεταπτυχιακά προγράμματα του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών. Επίσης δίδαξε ως Επίκουρος Καθηγητής μαθήματα Οικονομικών και Στατιστικής στο Τμήμα Λογιστικής του ΤΕΙ Πειραιά (1991-1993).​
Στο BCA εργάζεται από το 1989 διδάσκοντας μαθήματα Οικονομικών και Στατιστικής σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο. Από το 1998 και για 13 έτη διετέλεσε Διευθυντής του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων του BCA, και από το 2004 είναι Ακαδημαϊκός Διευθυντής του Κολλεγίου. Είναι επίσης μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Οικονομικού Κολλεγίου Αθηνών.​
Έχει δημοσιεύσει άρθρα και επιστημονικές εργασίες στην περιοχή της Εφαρμοσμένης Οικονομετρίας, και του e-Business. Στα ερευνητικά του ενδιαφέροντα περιλαμβάνονται θέματα Εφαρμοσμένης Μακροοικονομικής και Διοίκησης και Πολιτικής στην Ανώτατη Εκπαίδευση.​